故事环绕捕杀伊迈德·穆格尼耶的行动。穆格尼耶被指为1980至90年代发生的两宗美国驻贝鲁特大使馆爆炸案的主谋，后在2008年2月12日在大马士革被汽车炸弹暗杀。
1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
一部以朝鲜时代为背景讲述巡检们破解各种案件的探案剧, 温周莞饰演巡检厅的巡检(捕快)金四律,金四律是头脑清晰,思维周密,是一名非常出色的捕快.但有一天,杀害他父亲的仇人的女儿成为他的属下,两个人心存芥蒂,关系微妙而复杂.
曾经的棒球名校二子玉川高中因为一起恶性斗殴事件被取消了参赛资格。丧失比赛资格的同时，也让棒球队的一众成员安仁屋（市原隼人 饰）、御子柴（小出惠介 饰）、新庄（城田优 饰）、若菜（高冈苍甫 饰）等丢失了自己的棒球梦，成为了让学校头疼的问题学生。
高恩星（韩孝珠 饰）的人生本来也算一帆风顺，唯一纠结的事就是自己偷偷改了专业，选择就读厨艺学校，正想找机会向自己的父亲道清真相时，父亲却打来了越洋电话。告诉自己的弟弟高恩宇患上了自闭症，让她速速返回。回家之后的恩星，遇到的是晴天霹雳般的巨变。弟弟变自闭了；父亲破产了；继母抢夺遗产了。而自己的行李也和路人拿反了。这个路人就是大财团的孙子鲜于焕（李胜基 饰），平日里颇为自傲，让他的奶奶很是看不惯。某一天焕的奶奶出门失忆被恩星帮助，让奶奶对恩星颇有好感，甚至把无家可归的恩星接到了家里来住。让焕一家最吃惊的事莫过于，奶奶居然把自己庞大的遗产都给了恩星！这笔“灿烂”的遗产让恩星饱受焕一家人的嫉妒和怀疑。而焕也由最初的敌视变成对恩星心生好感，故事在扑朔迷离中展开。
