该机构与国际刑警组织合作，拿下一个组织严密的珠宝盗窃团伙；阿彻对此表示怀疑，因为他们的国际刑警组织联系人似乎把这次任务看得更像是一次试演。
四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……
距离“天人五衰”企图的消灭国家的计划还剩6天。
